La historia tiene lugar en una ciudad utópica conocida como No. 6, la cual es una de las seis únicas ciudades habitables luego de una guerra que casi extermina a la raza humana. Shion, un niño criado con privilegios, vive en un área exclusiva en No. 6. En la noche de su duodécimo cumpleaños, le da refugio a un muchacho que se llama a sí mismo como "Nezumi" (palabra japonesa para "Rata"). Nezumi está siendo cazado por el área especial de seguridad de la ciudad y debe escapar. Desde ese momento, la vida de Shion cambia y tendrá que lidiar con la verdad que yace en el interior de la ciudad.
No sé hasta que punto el anime fue fiel al manga, pero sé que los finales son diferentes, por lo que por eso voy a comprar los mangas. Aparte de que me parece una buena apuesta por parte de Ivrea, por lo que quiero apoyarla. Tened en cuenta que pese a lo que se pueda decir, No. 6 no es un yaoi. Es un anime de ciencia ficción que encajaría (bajo mi punto de vista) mucho mejor en la demografía shonen, mas concretamente un shonen-ai.